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Si algo se echaba en falta en Mootools era la capacidad para poder ser usado sin conflicto junto con otras librerías que también hacen uso del dólar $, como permite jQuery con su jQuery.noConflict().

Desde la versión 1.2.3, lanzada este 19 de junio, Mootools ya implementa esta característica que han llamado Dolar Safe Mode.

A partir de ahora, podremos hacer uso de Mootools junto con otras librerías (cosa realmente no muy recomendable) usando document.id como alias para el acceso por ID ($(id)) y document.search para el acceso por selector CSS ($$(selector))

Hacer los plugins compatibles

Desde el blog de Mootools nos recomiendan simplemente reemplazar los símbolos $ en los plugins por document.id o bien encapsular el plugin en una función anónima. Como comentaba en Javascript Module Pattern, el uso de funciones anónimas nos permite tener variables privadas. De esta forma, podemos asignar document.id a $ y evitar el reemplazo de todas las coincidencias.

Ejemplo de adaptación de un plugin usando una función anónima:

(function(){
    var $ = document.id;
    this.X = new Class({
        ...
    });
})();

Más información sobre Dollar Safe Mode en el blog de Mootools.